Более затягивающая и сложная, Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom фокусировалась вокруг темы перемещения во временном континууме и альтернативной реальности. Некогда друзья, а ныне злейшие враги Рю, Фостер и Кленси проводят серию экспериментов, которые приводят к созданию альтернативной копий Рю, правда на этот раз злого и безумного. С помощью этого альтернативного Рю, они убивают Ирэн Лю (любимая девушка Рю), которая узнала о планах злых гениев по порабощению мира. Хороший Рю обвиняя себя и весь мир, начинает своё приключения с целью отомстить его бывшим друзьям за убийство его любимой. Хотя, на протяжении всей игры, Кленси якобы пытается отплатить Рю помогая ему во время его опасного приключения, в конце концов, мы узнаем о том, что это именно он главное
зло и инициатор этой идей о покорении мира. В конце, Рю встречается лицом к лицу со своим главным обидчиком, он убивает его и снова спасает весь мир от погибели.

 

Релиз Ninja Gaiden III в Северной Америке был несколько плачевен. Хотя, финансово игра добилась успеха, в первую очередь благодаря популярности предыдущих частей.

Но сюда было превнесено и множество отличнейших нововведений. Во-первых геймплей стал заметно проще и нассыщеней, чем в предыдущих частях. Появилась система паролей. Рю потерял способность клонироваться, но приобрёл навык цепляться к потолку, трубам, лианам, висящим над ним, и перебираться по ним. Но самое главное - у него появилась возможность владеть мечом Дракона на каждом уровне, если конечно подобрать его дорогой. Уровни остались такие же разнообразные, как и во второй части, и преобрели новые для NES геймплейные линии, например ползущая лава снизу-вверх за персонажем. Когда игру портанули на SNES, она графически выглядела гораздо хуже своего NES'овского собрата, что было весьма странно, учитывая разницу в мощи обеих приставок. Так, что версия третьей
части на NES весьма и весьма качественный продукт даже для 16-ти битных консолей.

Игра вышла на: NES, Lynx, SNES, Virtual Console.