Год спустя событий первой части трилогии, Рю Хаябуса узнает о том, что его истинная любовь, Ирэн Лю похищена тёмным магом Аштаром. Прибыв в тайное пристанище тёмного мага, Рю ждёт неприятная картина, Аштар вонзает в Ирэн мистический Тёмный Меч Хауса, который должен открыть врата в Царство Хауса и снова призвать демоническую силу, которая угрожала земле в первой части игры. Рю приходится самому отправится на встречу судьбе в этот потусторонний мир Хауса и встретить там снова воскрешенного и намного более могущественного Джакито. Уничтожив злодея Рю снова спасает мир, а с ним и свою любимую женщину.
В принципе, геймплейно игра сохранила успешную формулу первой части трилогии, добавив к ней всего парочку интересных нововведений. У Рю появилась возможность карабкаться верх и вниз по стенам, а так же новая, весьма эффектная способность «Shadow Clones», которая создавала клонов (до двух) Рю, который следовали за своим оригиналом и помогали уничтожать противников.
Ninja Gaiden II подверглась страшной цензуре по причине излишне зверского насилия игры. Некоторые эпизоды и кат-сцены игры и вовсе были убраны из западных версии игры.
Помимо NES'а игра появилась на: SNES, PC, Amiga и Virtual Console.