Первая часть серии была весьма проста, вышла она на аркадном автомате в 1988 году. Мы получили роль неназваного героя, личность которого держалась в секрете. Он был облечен в черные (не совсем, всё же они были голубые) одеяния и обладал способностями ниндзя. Главная задача игры была весьма проста, мы должны были проходить уровни, с одного конца до другого, по пути уничтожая всех, кто посмел встать у нас на пути.
Год спустя событий первой части трилогии, Рю Хаябуса узнает о том, что его истинная любовь, Ирэн Лю похищена тёмным магом Аштаром. Прибыв в тайное пристанище тёмного мага, Рю ждёт неприятная картина, Аштар вонзает в Ирэн мистический Тёмный Меч Хауса, который должен открыть врата в Царство Хауса и снова призвать демоническую силу, которая угрожала земле в первой части игры. Рю приходится самому отправится на встречу судьбе в этот потусторонний мир Хауса и встретить там снова воскрешенного и намного более могущественного Джакито. Уничтожив злодея Рю снова спасает мир, а с ним и свою любимую женщину.
Более затягивающая и сложная, Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom фокусировалась вокруг темы перемещения во временном континууме и альтернативной реальности. Некогда друзья, а ныне злейшие враги Рю, Фостер и Кленси проводят серию экспериментов, которые приводят к созданию альтернативной копий Рю, правда на этот раз злого и безумного. С помощью этого альтернативного Рю, они убивают Ирэн Лю (любимая девушка Рю), которая узнала о планах злых гениев по порабощению мира. Хороший Рю обвиняя себя и весь мир, начинает своё приключения с целью отомстить его бывшим друзьям за убийство его любимой. Хотя, на протяжении всей игры, Кленси якобы пытается отплатить Рю помогая ему во время его опасного приключения, в конце концов, мы узнаем о том, что это именно он главное зло и инициатор этой идей о покорении мира. В конце, Рю встречается лицом к лицу со своим главным обидчиком, он убивает его и снова спасает весь мир от погибели.
Более затягивающая и сложная, Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom фокусировалась вокруг темы перемещения во временном континууме и альтернативной реальности. Некогда друзья, а ныне злейшие враги Рю, Фостер и Кленси проводят серию экспериментов, которые приводят к созданию альтернативной копий Рю, правда на этот раз злого и безумного. С помощью этого альтернативного Рю, они убивают Ирэн Лю (любимая девушка Рю), которая узнала о планах злых гениев по порабощению мира. Хороший Рю обвиняя себя и весь мир, начинает своё приключения с целью отомстить его бывшим друзьям за убийство его любимой. Хотя, на протяжении всей игры, Кленси якобы пытается отплатить Рю помогая ему во время его опасного приключения, в конце концов, мы узнаем о том, что это именно он главное зло и инициатор этой идей о покорении мира. В конце, Рю встречается лицом к лицу со своим главным обидчиком, он убивает его и снова спасает весь мир от погибели.
