Более затягивающая и сложная, Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom фокусировалась вокруг темы перемещения во временном континууме и альтернативной реальности. Некогда друзья, а ныне злейшие враги Рю, Фостер и Кленси проводят серию экспериментов, которые приводят к созданию альтернативной копий Рю, правда на этот раз злого и безумного. С помощью этого альтернативного Рю, они убивают Ирэн Лю (любимая девушка Рю), которая узнала о планах злых гениев по порабощению мира. Хороший Рю обвиняя себя и весь мир, начинает своё приключения с целью отомстить его бывшим друзьям за убийство его любимой. Хотя, на протяжении всей игры, Кленси якобы пытается отплатить Рю помогая ему во время его опасного приключения, в конце концов, мы узнаем о том, что это именно он главное
зло и инициатор этой идей о покорении мира. В конце, Рю встречается лицом к лицу со своим главным обидчиком, он убивает его и снова спасает весь мир от погибели.